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Salut!
Ta phrase est bien écrite, bravo :)
En effet, "limitée" s'accorde avec "maladie inflammatoire" puisque c'est à cela qu'il fait référence. Tu peux utiliser le truc du "C'est [...] qui [...] ", comme ceci :
C'est la "maladie inflammatoire" qui est "limitée aux articulations principales"
Ce ne sont pas "les rares cas" qui sont "limités aux articulations principales"
Cependant, parles-tu d'une seule et unique maladie? Si tu voulais plutôt parler de plusieurs maladies, alors on écrirait : "maladies inflammatoires limitées aux articulations principales".
Voici une fiche qui pourrait t'aider à bien identifier les sujets dans une phrase:
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N'hésite pas si tu as d'autres questions :)
Katia