Bonjour ! :)
En effet, c'est une très bonne question ; la phrase peut porter à confusion.
Syntaxiquement, le déterminant possessif est supposé renvoyer à la personne grammaticale auquel il correspond. Cependant, dans le cas des pronoms à la troisième personne, cela peut porter à confusion. Il n'y a donc aucun réel moyen de déterminer l'antécédent de «sa» mis à part une information contextuelle additionnelle.
Logiquement, je privilégierais l'interprétation selon laquelle il s'agirait de la voiture à Paul (puisque c'est le sujet). Je recommanderais ainsi l'utilisation de la voix passive s'il s'agissait de la voiture à Jean :
Jean a été remerciée par Paul dans sa voiture. Vous pourriez aussi déplacer «dans sa voiture» afin d'éviter la confusion : «Jean, dans sa voiture, a remercié Paul/ Dans sa voiture, Jean a remercié Paul». Mais bon, encore une fois, il s'agit d'une préférence et non d'une règle grammaticale.
J'aurais aimé pouvoir vous aider d'avantage, mais il s'agit malheureusement d'une de ces notions ambigües de la langue française! Si vous le souhaitez, vous pouvez consulter l'article de la Banque de dépannage linguistique (BDL) de l'Office québécoise de la langue française à ce sujet :
Banque de dépannage linguistique - Déterminants possessifs : sens, emplois et formes (gouv.qc.ca) (votre cas est traité au dernier point).
N'hésitez pas à revenir nous voir si vous éprouver tout autre problème. Il nous fera plaisir de vous aider.
Sarah G