Postsecondary • 11d
Bonjour,
J'ai une question de biologie cellulaire mais c'est en anglais puisque je vais à un cégep anglophone. Je suis perdu...
Design a new sgRNA that would anneal to a protospacer region from exon 11 of the CFTR gene that could be used to try and repair the cystic fibrosis mutation. Remember, the three bases highlighted in blue above are not in the mutated version of the gene you are trying to repair. Ensure that your answer is the appropriate length for an sgRNA. Do not add spaces in the answer, note the built in 5' - 3' directionality left to right.
Je sais qu'il faut aller 20bp avant un PAM mais j'ai la mauvaise réponse...
Explanation from Alloprof
This Explanation was submitted by a member of the Alloprof team.
Merci pour ta question!
Les sgRNA (single guide RNA ou ARN guide unique) sont des molécule d'ARN synthétique utilisés dans la modification génétique via CRISPR. Ils fusionnent deux ARN naturels (crRNA et tracrRNA) en un seul pour guider la protéine Cas9 vers un site précis de l'ADN afin d'y effectuer des modifications.
Commençons par trouver le PAM. Le PAM (ou protospacer adjacent motif) est une zone de 2 à 6 paires de bases située à côté de la cible. Elle sert à guider le CRISPR. Celui-ci doit être dans la direction 5'->3' (en aval) de la séquence d'intérêt. Dans ce cas-ci, il y en a un immédiatement adjacent à la zone bleue, soit TGG.
Ensuite, trouvons les 20 bases en amont du PAM. Ce PAM ne doit pas inclure les bases en bleu. On constate rapidement que ce PAM ne fonctionne pas, car il inclut les bases en bleu. Essayons un peu plus en amont, dans le 11e triplet de codons. Il y a la séquence TGG.
Les 20 bases en amont ne contiennent pas les bases soulignées en bleu. Elles sont les suivantes : CAGTTTTCCTGGATTATGCCTGG.
Rappelle toi que la séquence d'ARN doit être complémentaire, donc la suivante : CAGUUUUCCUGGAUUAUGCCUGG.
Voilà!
Cette fiche du site d'Alloprof explique l'ADN, les gènes et les chromosomes :
N'hésite pas si tu as d'autres questions!